Imediat după Revoluția din 1989, în timpul retragerii patriarhului Teoctist la Sinaia, Baconschi a întemeiat Grupul de Reflecție pentru Înnoirea Bisericii, alături de protosinghelul Daniel Ciobotea și arhimandritul Bartolomeu Anania, colegi ai săi de la Institutul de Misiune al BOR, la care au aderat preoții Constantin Galeriu, Dumitru Stăniloaie, Constantin Voicescu, ieromonahul Iustin Marchiș, precum și laicii Sorin Dumitrescu și Horia Bernea.
În 1990, Teodor Baconschi a devenit consilier la Ministerul Culturii. În același an a obținut o bursă de studii pentru doctorat din partea guvernului francez, studiind la Universitatea Paris IV Sorbonne, între anii 1990 și 1994, timp în care a obținut diploma de studii aprofundate (DEA) în anul 1991 și apoi doctoratul în antropologie religioasă și istorie comparată a religiilor, cu calificativul „magna cum laude” în anul 1994, avându-l ca îndrumător pe profesorul Michel Meslin.
Președintele Emil Constantinescu l-a trimis în perioada 1997–2001 în funcția de ambasador al României pe lângă Sfântul Scaun. De asemenea, între anii 1999 și 2001, Teodor Baconschi a fost acreditat în Republica San Marino și pe lângă Ordinul Suveran al Cavalerilor de Malta. A fost rechemat în țară în anul 2001, fiind numit în funcția de director general în Ministerul Afacerilor Externe. În perioada noiembrie 2002–ianuarie 2005, a deținut funcția de Ambasador al României în Portugalia. Pe 21 ianuarie 2005, a fost numit secretar de stat pentru Afaceri Globale în Ministerul Afacerilor Externe. La data de 11 septembrie 2006, Teodor Baconschi a fost demis din funcția de secretar de stat de către premierul Călin Popescu Tăriceanu ca urmare a politicii de restructurare la nivelul ministerelor.
Pe 2 august 2007, a fost numit de către Președintele României ambasador extraordinar și plenipotențiar în Franța. La data de 4 martie 2008, a fost numit și în calitatea de ambasador extraordinar și plenipotențiar al României în Principatul Andorrei și în Principatul Monaco. Între decembrie 2009 și ianuarie 2012 a îndeplinit mandatul de ministru al Afacerilor Externe.
